生物肥料能够增强作物抗逆性：生物肥料中的有益微生物生长繁殖，在作物根际土壤微生态系统内形成优势种群，抑制其他有害微生物的生长繁殖，甚至对部分有害病原菌产生拮抗作用，减少了有害微生物的危害机会。另外，有益微生物在生长繁殖过程中向作物根际土壤微生态系统内分泌各种代谢产物，这些代谢产物能够刺激作物生长，提高作物抵抗不良环境的能力。，在植物受到病害、冻害、干旱、衰老等逆境时，施用微生物肥料其所含的菌种能诱导作物产生超氧化物歧化酶，消除因逆境而产生的自由基，从而提高作物的抗逆性，减轻病害。