微生物菌肥主要成分是有机质和大量的有益微生物菌，对作物安全，可用于拌种、底肥、育苗、喷施等多种使用方法。（1）育苗使用：在育苗时加入营养土中，不但能促进根系生长，使幼苗更加健壮，还可预防苗期猝倒病、立枯病、根腐病等病害的发生。（2）用于底肥：在作物施底肥时，可把微生物菌肥与有机肥、复合肥等肥料一起使用，不但能提高肥料利用率，还能抑制土壤中的病菌。（3）用于拌种：在作物播种前，现将种子用清水浸种，捞出后，在用微生物菌肥拌种，使种子表面均匀沾满菌肥后，在阴凉通风处稍阴干即可播种。可防止种子感染病害。（4）喷雾使用：可用微生物菌肥过滤也，直接喷洒作物叶面，其活芽孢利用叶面上的营养和水分在叶片上繁殖，迅速占领整个叶片表面，同时分泌具有杀菌作用的活性物，达到有效排斥、抑制和杀灭病菌的作用。防止病菌感染，预防病害的发生。